内科采用中西医结合方法，诊治内科常见病、多发病和各种疑难杂症，如上呼吸道感染、肺炎、急慢性支气管炎、哮喘、冠心病、心绞痛、心肌梗塞、心律失常、高血压、高脂血症、溢血、急慢性胃炎、胃十二指肠溃疡、胆囊炎、急慢性肾炎、糖尿病、乙型肝炎。由经验丰富专家坐诊、针对不同病种的患者，力争以最优化的治疗方案，帮助患者恢复健康。
医院目前已开设了普外科、骨外科、泌尿外科及肛肠外科等专科。开展各种体表肿瘤切除术，甲瘤、乳腺肿块、胃十二指肠溃疡、肠道肿瘤、阑尾炎、疝气、胆囊结石、输尿管结石、膀胱结石手术切开取石，前列腺肥大摘除术，四肢骨折、椎间盘突出及各种内外痔、肛瘘、肛裂、肛周脓肿手术。 在业务创新上，引进微创大汗腺清除手术，专业一次性除腋臭，彻底、无痛、不复发；肛肠外科引进美国先进痔疮枪微创技术和自动痔疮枪技术，治疗各期内外痔、混合痔、肛瘘、肛裂等肛肠疾病。
新区儿科由从事儿科临床工作近40年的医师坐诊，专业诊疗儿童常见病、多发病、普通内科疾病，对儿科危重症及疑难病症诊治具有丰富的临床经验。开展小儿包茎治疗、小儿腹股沟疝手术。
男科是我院的特色科室，引进体外电场热疗系统、男性性功能康复治疗系统、生物超导微波技术等先进的诊疗设备，采用中西医结合辩证施治，结合中药离子导入技术，专业诊疗各种急、慢性前列腺炎、前列腺增生、尿频、尿急、生殖器疱疹、阳痿、早泄、不孕症、性功能障碍、包皮、包茎等男性疾病。
妇科采用六联综合疗法、二维冲击疗法、21关排查法等先进诊疗技术，整合优化国际领先妇科微创技术设备，应用宫腹腔镜和纳米微波疗法、微创消融技术、微管保宫人流术及TCT（液基薄层细胞处理技术）等个性化妇科疾病治疗技术，高效、精准解除各类妇科疑难疾病，极大限度减少器官损伤和术中痛苦。
产科配备层流净化无菌手术室和先进的医疗设备，孕前独家开展产前检查全免费，专业开展顺产、剖腹产、无痛分娩、引产等母婴保健业务，全程导乐陪伴分娩。产后指导母乳喂养，开展新生婴儿游泳、抚触、按摩等特色项目，以促进婴儿大脑发育。
新区医院口腔科是一所集预防、保健、治疗、修复、正牙、美齿为一体的专业口腔科室。拥有牙科综合治疗仪、牙片机、光固化机、银汞调拌机、超声波洁牙机、技工抛光打磨机等专科设备，全面开展口腔正畸、口腔外科、口腔美容、口腔修复、口腔内科、儿童保健等项目。
自贡新区医院结石科 汇集省内外经验丰富，技术精湛的知名专家。集检查、诊断、定位治疗于一体，采用手术、药物治疗及体外冲击破碎石，主要治疗胆囊结石、肝内外胆管结石，肾结石、输尿管结石、膀胱结石、泌尿系结石和前列腺结石。首家引进 目前世界上最先进第六代ESWL大型B超电脑双定位冲击波碎石机。不受体外及形体胖瘦的影响，不损伤脏器。无创伤、痛苦小、不开刀、不住院、无需麻醉、定位准、治疗时间短（约30分钟）恢复快、费用低、治愈率高。是国际公认的尿路结石标准疗法。
肝病专科是本院的重点科室之一，科室由多位在肝病临床与科研工作多年的专业技术骨干常年坐诊。科室引进美国雅培全自动免疫化学发光分析系统病毒基因定量检测系统、日本全数字彩色超声检测系统，提供科学的依据和保障。科室应用“特异性主动免疫疗法”技术，中西医结合逆转肝纤维化、阻断肝硬化技术，抗病毒治疗技术，中西医结合治疗脂肪肝、酒精肝技术造福了广大肝病患者，取得了可喜的治疗效果，使肝病科的诊疗技术达到了国际先进水平。
肛肠科是由具有丰富临床经验的肛肠专家主任医师亲自主诊，引进先进得多功能治疗仪和国际先进的痣吻合器两项国际尖端设备，开展手术、激光、红外线、微波、药物内服、外洗、熏洗、灌汤，药物注射等多种治疗手段。在肛瘘、内痔、外痔、混合痔、环状痣、肛裂及直肠息肉、直肠粘膜脱垂、肛门狭窄等领域积累了丰富的临床经验。